在开办各类学校的同时，明朝还在南方边疆民族地区开科取士。洪武三年（1370年）全国首行科举，乡试的地点就包括南方少数民族聚居或人数较多的湖广、广东、广西，洪武五年（1372年）又增加四川乡试。云南各府、州、县的考生，洪武二十二年（1389年）命赴应天府（南京）乡试，永乐九年（1411年）改在云南开科举行乡试。[46]贵州各府、州、县的考生，永乐十四年（1416年）命赴云南参加乡试，洪熙元年（1425年）令就试湖广，宣德二年（1427年）考虑到贵州距湖广路途遥远，仍令改赴云南，嘉靖十四年（1535年）“令贵州另自开科”[47]，两年后设立贡院，正式开科取士。[48]原先教育非常落后的云南、贵州，先后涌现了一批进士、举人。据统计，自洪武十八年至崇祯十六年（1385—1643年），云南就出了211名进士、2390名举人[49]，贵州也出了101名进士、1583名举人。[50]有些少数民族的大姓，如云南白族中段、高、杨、赵、李、董、王、张等，其家族成员还屡屡中举。