从乡镇企业自身发展与地区发展的角度说，乡镇企业改革的关键是要成为政企分开、产权明确、自主经营、自负盈亏的独立商品生产者，而不再是乡镇政府的附属物。通过产权改革，乡镇企业与乡镇政府真正脱钩了，乡镇政府及其工作人员就不能再把乡镇企业当做自己的直辖企业，也不能再把乡镇企业当做自己的小金库了。这不仅有利于乡镇企业的发展，而且有利于乡镇的廉政建设。
某些地区在乡镇企业产权不清晰的条件下，由于一些盈利的（甚至不盈利的）乡镇企业被当地的乡镇基层政权机构牢牢掌握在自己的手中，视为乡镇基层政权机构的小金库，于是一方面，乡镇企业的活力受到极大限制，农民的生产和投资积极性大受挫折；另一方面，这也成为某些乡镇基层政府工作人员腐败的表现之一，破坏了乡镇基层政权的形象，失去了群众的信任，并使得乡镇的政治经济生活不正常，使得当地社会难以安定。可见，按照乡镇企业产权明确化的原则来调整乡镇基层政权机构与乡镇企业之间的关系已经不单纯是一个经济问题，而且是一个关系到能否巩固乡镇政权和保证社会安定的政治问题。
报纸、电视中已经披露过不少乡镇干部胡作非为并造成严重后果的案件。他们的胡作非为往往同他们成为乡镇企业的“太上皇”有关——他们把政治权力与经济权力集中于自己一身；从乡镇企业随意支取货币；把自己的各种开销（包括挥霍浪费的开支）拿到乡镇企业去报账；控制乡镇企业用人与招工的大权，把亲戚朋友塞进企业；私分乡镇企业的利润、甚至公积金和公益金……这种靠乡镇企业的经济力量来支撑的乡镇政府工作人员的胡作非为，固然应从法律和政纪上严肃处理，而对乡镇企业的产权关系进行改革、使乡镇企业同政府之间的关系正常化也是必不可少的措施。