长江鱼类资源不管是在种类还是数量上，都在世界上占据着非常重要的地位，整个水系拥有423种鱼类，其中纯淡水鱼类高达381种，居我国各水域之首，是我们淡水渔业的摇篮，鱼类基因的宝库，经济鱼类的原种基地，生物多样性的典型代表。
以湖北宜昌以上的长江上游地区，是长江流域生态系统中一个比较特殊的水域生态系统，具有特殊的地质地貌气候和自然生态环境，孕育了丰富多样的水生生物，其中鱼类资源尤为丰富，高达286种。更是我国著名的珍稀鱼类以及长江上游众多的特有鱼类生活的摇篮。
随着长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区的成立，自然保护区横跨四川、云南、贵州和重庆三省一市，是我国最长的河流型自然保护区。
其中包括了向家坝至马山溪大桥间的长江干流以及赤水河连江等支流阶段，总长度1162公里，总面积33,174公倾，主要保护对象有长江白鲟、达氏鲟、胭脂鱼以及其他67种长江上游特有鱼类。