5月19日，船队从伦敦出发。7月26日，士气高昂的探险队在加拿大巴芬湾遇到了2艘捕鲸船。在捕鲸船的帮助下，他们将航海日志交给海军部，之后就消失在世人的眼里。
1848年至1859年，英国海军部和富兰克林的夫人先后派遣了40多个救援队进入北极地区搜索，即便损失了远超富兰克林探险队的人员和船只数量，搜救队也没有救回一人。根据找到的遗体和包括手稿在内的遗物，以及后世的调查发掘，人们大致还原了探险队全军覆没的经过。
一开始，探险队的工作进行得很顺利，他们成功挺进到北纬77度圈，并于1946年9月来到威廉王岛外海。在这里，船只被牢牢冻住，从此再未脱困。原本船上的物质足够他们支撑一段时间，然而携带的罐头有一半已经坏掉，用于预防坏血病的果汁也变质了。1947年6月11日，刚过完62岁生日并仍坚信船只很快会脱困然后继续西行的富兰克林去世了，剩下的人处境更加艰难。不久，2艘船被浮冰挤破。第二年春天，剩余的105人决定弃船逃亡。然而，长期缺乏新鲜食物让大部分船员得了败血症，食用含铅的罐头又让他们铅中毒，上岸后的船员在饥饿、寒冷和铅中毒导致的疯狂中自相残杀，甚至出现了同类相食的惨剧。所有人陆续死亡，手稿上记录的时间最终停留1848年4月25日。